Nach einer Rückblende, in der wir Zoe und Mal im Krieg kämpfen sehen, ist die Besatzung der Serenity sechs Jahre später dabei, Ladung von einem havarierten Frachtschiff zu bergen, als die Allianz auftaucht und sie nur durch einen Trick entkommen können.

Ihr Kumpel Badger weigert sich, ihnen die Fracht abzukaufen, und so machen sie sich auf den Weg in die Randwelten, nachdem sie drei zahlende Passagiere aufgenommen haben: Book, Simon, und Dobson. Unterwegs sendet jemand ein Signal an die Allianz, und es stellt sich heraus, dass es Dobson war, ein verdeckter Agent. Er ist vor allem hinter Simon her, nimmt aber auch gern noch den Rest der Crew. Bevor er überwältigt werden kann, schießt er noch auf Kaylee und verletzt sie schwer. Simon bietet seine Dienste als Arzt an, zwingt Mal dafür aber, vor dem herannahenden Allianzschiff zu fliehen.

Als Mal Simons Gepäck untersucht, findet er eine nackte Frau, die sich als Simons Schwester River herausstellt. Sie war von der Regierung für Versuche missbraucht worden, und er hatte ihr geholfen, zu entkommen.

Nachdem sie einem Schiff der Reavers ausweichen konnten, geht Mal einen Handel mit Patience ein, einer alten ‘Freundin’, vermutet aber eine Falle. Patience versucht sie beim Treffen tatsächlich in einen Hinterhalt zu locken, aber die Crew kann dem entgehen.

Allerdings kehren die Reavers zurück, und der Agent schafft es , auszubrechen. Mal erschießt den Agenten, und Wash gelingt es, die Reavers, mit einem spektakulären Manöver, auszutricksen und zu zerstören.

Am Ende entscheidet Mal, alle drei verbleibenden Passagiere auf unbestimmte Zeit an Bord zu behalten.

Während die Serenity illegale Transporte durch den von der Allianz kontrollierten Raum fliegt, wird die Crew der Serenity vom einem mächtigen und gefürchteten Gauner namens Adelei Niska angehäuert, einen Zug auszurauben. Der Zug transportiert medizinische Hilfsgüter für eine Gemeinde; Reynolds und Zoe werden misstrauisch. Mit Inara's Hilfe werden Sie aus der misslichen Lage befreit und bemerken, daß sie betrogen wurden. Sie versuchen Niska das Geld zurückzubringen. Dessen Gefolgsmann ist nicht sehr glücklich, aber Mel "überzeugt" den nächsten, das Geld zurückzunehmen.

Unterdessen nähern sich River zwei schwarz bekleidete Agenten mit blauen Handschuhen.

Bei einer Erkundungstour auf einem treibenden Kolonie- schiff, findet die Crew der Serentiy Hinweise darauf, dass die Crew von den kanibalistischen Reaver's getötet wurde. Sie finden einen Ueberlebenden, aber die Dinge nehmen eine schlechte Wende als ein Schiff der Allianz auftaucht, das nach einem nicht registrieten Firefly-Klasse Schiff sucht, welches ein Geschwisterpaar beherbergen soll.

Die Crew versteckt Simon and River und weichen den Fragen des Allianz-Kommandanten aus, aber der Ueberlebende wurde beim Ueberfall der Reaver geistesgestört und startet einen Blutigen "Racheakt".

Mel rettet den Kommander der Allianz und dieser lässt sie schliesslich gehen.

Auf dem Planeten Persephone kontaktiert die Crew ihren alten "Freund" Badger, um einige Güter für einen lokalen Gangsterboss zu transportieren.

Während Mal auf einem Ball einen Transportjob vereinbaren will, muss er Inara, derren Ehre von einem gegenwärtigen Kunden beleidigt wurde, verteidigen.

Gemäss lokanlen Gepflogenheiten fordert er Inaras Kunden, Atherton Wing, zum Duell auf.

Inara muss Mal beibringen, wie man mit einem Schwert umgeht, während Badger den Rest der Serenitycrew festhält, um zu verhindern, dass sie sich in seine Wiederernennung einmischen können.

Dank Inaras Ablenkungsmanöver, gelingt es Mal, Atherton zu besiegen und den Job zu erhalten.

Die Serenity liefert das Vieh (aus "Shindig") aus. Kaylee und Inara gehen auf dem Planeten schoppen. Kaylees Verknalltsein in Simon wird erneut zur Sprache gebracht.
Später, während des Viehverkaufs, kommt es zu einer Schießerei, bei der Book als unbeteiligter Zuschauer getroffen wird.
Leider sind Simon und River zwischenzeitlich entführt und zu einem abgelegenen Dorf gebracht worden, dessen Bewohner dringend einen Arzt brauchen.
Um Book zu retten, geht Mal das Risiko ein und bringt ihn zu einer Allianz-Basis.
Als man dort seinen Ausweis sieht, wird Book sofort behandelt. Simon und River werden in der Gemeinschaft freundlich empfangen. Es gibt dort viele Kranke, die dringend Hilfe benötigen.
Als es River auf telepathischem Wege gelingt, Dinge über ein kleines Mädchen namens Ruth zu erfahren, das nicht mehr gesprochen hat, seit seine Mutter verrückt wurde und versuchte, es umzubringen, wird sie beschuldigt, eine Hexe zu sein.
Die Dorfbewohner versuchen, sie auf dem Scheiterhaufen zu verbrennen, aber Simon schafft es sie lange genug davon abzuhalten, dass Mal und die anderen zurückkommen und sie retten können.
Dazwischen sieht man Rückblenden, wie River zur Akademie gebracht wurde, und Simons frühe Versuche, sie zu befreien.

Nachdem sie einen Job auf einem Planeten durchgeführt haben, erfährt Mal, dass er unbeabsichtigter Weise, mit Saffron, einer naiven jungen Frau, verheiratet wurde. Saffron verlässt ihre Heimat, um bei ihrem "Ehemann" zu sein.

Durch ihr Ungeschick werden Mal und Wash von Saffron ausser Gefecht gesetzt, während sie das Schiff für die Uebernahmen durch Raumpiraten vorbereitet und einen Kurs einschlägt. Sie versiegelt die Steuerung und macht sich mit einem Shuttle aus dem Staub.

Die Serenity ist auf Kurs mit einem Schiff, das andere Schiffe durch ein elektronisches Netz verschrotten kann.

Die Crew entscheidet, das Netz mit einem gezielten Schuss ausser Kraft zu setzten und sich Saffron zu schnappen.

Die Serenity landet bei einer Kolonie auf Canton, in der Jayne für einen Vorfall, der vor Jahren stattfand, als Held gefeiert wird. Er liess damals unbeabsichtigt einen Sack voll Geld, das er uns sein Partner Stitch vom örtlichen Richter gestohlen haben.

Obwohl Jayne weiss, dass er fällschlicher Weise als Held gefeiert wird, ändert er nichts an dieser Tatsache und geniesst es in vollen Zügen.

Unterdessen tanzen Kaylee und Simon, River schreibt Book's Bibel um und Inara macht sich daran, den Sohn des Richters zu 'entjungfern".

Der Richter lässt Stitch, der damals geschnappt wurde, frei, sich an Jayne zu rächen und den Stadtmenschen die wahre Geschichte zu erklären, aber sie scheinen sich nicht dafür zu interessieren und ein junger Mann opfert sogar sein Leben, um Jayne zu retten. Ein Opfer, welches dieser nur mit Mühe verstehen kann.

Mit der Hilfe des Sohns des Richters gelingt es der Crew der Serenity zu entkommen.

Die Episode beginnt mit einem verwundetet Mal, der benommen auf dem Schiff umherirrt.

Die Serenity hat nach einer Explosion im Maschinenraum ihre Lebenerhaltungssysteme verloren.

Die anderen acht Crewmitglieder verlassen mit den zwei Shuttles das Schiff in entgegengesetzten Richtungen, während Mal an Bord bleibt und hofft, dass jemand auf Ihre Notsignal reagiert.

Zurück in der Gegenwart, irrt Mal immernoch durchs Schiff und erlebt verscheidene Flashbacks, wie der die Serenity erwarb, Wash and Kaylee anheuerte, Inara als Pasagier anwarb, und von Jayne angegriffen wurde und ihn dann ebenfalls für sich gewinnen konnte.

Ein anderes Schiff hat auf den Notruf reagiert und offeriert Mal das benötige Ersatzteil, aber dessen Captain beschiesst ihn und versucht die Serenity zu kapern. Doch Mal gelingt es die Bande zu überwältigen und das Ersatzteil zu retten.

Der schwer verwundete Mal versucht das Teil in die Systeme einzubauen, hat erfolgt, erreicht aber den Rückruftaster für die Shuttles nicht mehr, bevor er geschwächt vom Blutverlust zusammenbricht.

Aber diese haben ohnehin beschlossen zum Schiff zurückzukehren.

Die Besatzung besucht den Planeten Ariel, auf dem Inara sich einer alljährlichen Routineuntersuchung für Companions unterziehen soll.
Simon macht ihnen ein überraschendes Angebot: Im Austausch für gestohlene Medikamente sollen die anderen ihm helfen, in ein Krankenhaus zu gelangen, in dem es einen leistungsfähigen Scanner gibt, mit dem er River untersuchen will.
Simons Plan sieht vor, dass Kaylee und Wash die örtlichen Schrottplätze nach Teilen absuchen, aus denen man ein Krankenshuttle nachbauen kann. Mit dem fliegen die anderen das Krankenhaus an und geben sich als Rettungssanitäter aus. Simon und River werden durch einen Wirkstoff zu vermeintlichen Leichen.
Während Mal und Zoe dann losziehen und Medikamente stehlen, bleibt Jayne bei River und Simon, die nicht wissen, dass er sie gegen Bezahlung an die Allianz verraten hat.
Jayne drängt Simon, sich bei der Untersuchung zu beeilen, und auf dem Weg nach draußen, werden die drei von der Allianz gestellt. Jayne wird jedoch selbst auch von der Allianz verhaftet.
Sie schaffen es, zu entkommen, als die Männer mit den Blauen Handschuhen auftauchen und ohne zu zögern jeden exekutieren, der mit den Tams Kontakt hatte. Mal und Zoe retten schließlich ihre Freunde, und Simon macht viel Aufhebens um Jaynes Kampfkünste, in der Annahme, er hätte River und ihm helfen wollen. Mal begreift, daß Jayne Simon and River an die Allianz verraten hat, und droht ihn aus der Luftschleuse zu stoßen. Jayne gibt seine Tat schließlich zu, und Mal lässt ihn vom Haken.
Am Ende kommt Inara zurück, und Simon beginnt River zu ‘heilen’.

Wash ist eifersüchtig auf Zoes gute Beziehung zu Mal und besteht darauf (nach Einsatz einiger Tricks) mit Mal zusammen einen Kunden zu treffen, dem sie bei der Allianz gestohlene Medikamente verkaufen wollen. Mitten in den Verhandlungen werden die beiden von Männern entführt, die für Niska arbeiten. Dieser will sich an Mal für den vergeigten Zugüberfall rächen. Er foltert Mal und Wash, bis Zoe auftaucht und ihm Geld im Austausch für die Gefangenen bietet. Niska meint aber, daß das Geld nur für eine Person reichen würde, und Zoe wählt Wash. Wash wird klar, daß Mals Streiterei mit ihm, während sie gefoltert wurden, nur dazu diente, ihn wach zu halten und nicht aufgeben zu lassen. Dies spornt ihn an, mit den andere zusammen den Captain zu retten.

Inzwischen nimmt ein Ratsmitglied Inaras Dienste in Anspruch – zum Erstaunen der Crew handelt es sich um eine Frau.

Simon fährt mit Rivers Behandlung fort. Neben einigen Rückschlägen zeigt sie ein außerordentliches Talent für Blindschießen.

Saffron (aus "Our Mrs. Reynolds") kehrt zurück - nachdem Mal ihren derzeitgen Betrug aufdeckt, schleicht sie sich auf die Serenity und bietet der Crew ein "perfektes Verbrechen" zur Wiedergutmachung an.
Das Verbrechen: Nach Bellerophon fliegen, um einem Kriminellen seine Laser-Prototype Handfeuerwaffe aus seiner Sammlung stehlen.
Der Plan: Saffron und Mal schleichen sich ein, stehlen die Waffe und lassen diese durch die Abfallentsorgungsanlage verschwinden. Die Serenity soll den Container abfangen.
Natürlich läuft es nicht so, wie geplant. - Saffron ist ebenfalls mit Durran verheiratet und plant Mal auszuliefern.
Nichts läuft wie es sollte, so überwältigt Saffron Mal und setzt ihn nakt in der Wüste aus.
Natürlich haben Mal und Inara den Betrug erwartet. Schliesslich konnte Inara die Waffe an sich nehmen, Saffron zurücklassen und Mal retten.
Ausserdem findet Simon heraus, dass Jayne ihn und seine Schwester (in "Ariel") veraten hat.

Ein alter Kriegskumpane von Mal and Zoe lässt ihnen seine sterblichen Ueberreste zukommen.
Er bittet sie ausserdem, seinen Körper seiner Familie zu übergeben.
Einige Männer, wahrscheindlich von der Allianz, wollen den Körper aber für sich haben und verfolgen die Serenity.
Bemüht herauszufinden, wonach die Allianz sucht, entschliesst sich die Crew den Körper zu öffnen; dabei erwacht Tracey wieder zu leben.
Dieser erklärt, dass er Super-Organe in seinem eigenen Körper schmuggelt.
Es folgt eine wilde Verfolgungsjagt, durch die Schluchten eines nahegelegenen Planeten. Doch bald sitzt die Serenity in der Falle, worauf sich die Crew entschliess Tracey herauszugeben, um sich selbst zu retten.
Als Tracey davon erfährt, nimmt er Kaylee als Geisel, woraufhin er von Zoe angeschossen wird. Den verfolgenden Offizier mahnen sie, dass er sich ausserhalb seinen Einflussgebietes befindet.
Dann stirbt Tracey wirklich und die Crew übergibt seinen Körper schlussendlich seiner Familie.

Eine ehemalige Companion-Kollegin von Inara bittet sie und die Crew um Hilfe.

Sie betreibt auf einem Planeten ein Bordell. Einer der Kunden (der Bürgermeister und erklärter Waffennarr ist) hat eins ihrer Mädchen geschwängert und will sich das Kind holen, sobald es geboren ist – notfalls mit Gewalt.

Während sie die Verteidigung des Gebäudes vorbereiten, lässt Mal sich mit ihrer ‘Auftraggeberin’ ein und verbringt die Nacht mit ihr, was Inara zutiefst verletzt.

In einem heftigen Feuergefecht schaffen sie es schließlich, die Angreifer zurückzuschlagen. Simon darf zudem sein Talent als Hebamme unter Beweis stellen.

Schließlich wird der Bürgermeister von der Mutter des Kindes erschossen und die Crew kehrt zur Serenity zurück.

Inara beschließt, den Mietvertrag für das Shuttle zu kündigen, und das Schiff zu verlassen.

Als River eine geladene Pistole an sich nimmt und damit herumspielt, ohne zunächst zu begreifen, was sie tut, beginnen die anderen zu befürchten, dass sie sich vielleicht gar nicht erholen wird.

Ihre Diskussionen werden jedoch durch die Ankunft eines Kopfgeldjägers, Early, unterbrochen, der sich an Bord schleicht und die Besatzung nacheinander entweder bewusstlos schlägt oder einsperrt. Er bedroht Simon und zwingt ihn, ihn zu River zu bringen. River spricht mit ihm, doch es scheint, daß ihr Geist das Schiff übernommen hat.

Schließlich offenbart sie, daß sie auf Earlys Schiff ist. Sie meint, da die anderen sie ohnehin aufgeben wollten, sei es die beste Lösung, wenn sie mit Early mitginge.

Aber als Early zu seinem Schiff zurück geht, lotst sie Mal hinter ihm her.

Sie kämpfen, und der Kopfgeldjäger wird schließlich in den Weltraum hinausgeschleudert.